SDS-PAGE (Natriumdodecylsulfat-Polyacrylamid-Gelelektrophorese) ist eine Methode zur Trennung von Proteinen basierend auf ihrer Größe. Sie wurde in den 1960er Jahren entwickelt und ist eine der wichtigsten Techniken in der Proteinbiochemie.
Der erste Schritt bei der SDS-PAGE besteht darin, Proteine zu denaturieren, indem sie mit dem anionischen Detergens Natriumdodecylsulfat (SDS) behandelt werden. SDS bindet an die Proteine und gibt ihnen eine negative Ladung, so dass sie linearisiert und ihre ursprüngliche Konformation verlieren.
Nachdem die Proteine denaturiert sind, werden sie in ein Polyacrylamid-Gel geladen. Das Gel besteht aus zwei Teilen: dem gestapelten (stacking) Gel am Anfang und dem Trenngel im Hauptteil. Das stacking Gel hat eine geringere Konzentration an Acrylamid und dient dazu, die Proteine zu konzentrieren und sie in gleichmäßige scharfe Zonen zu fokussieren.
Sobald die Proteine ins Gel geladen sind, wird eine elektrische Spannung angelegt, die sie durch das Gel bewegt. Aufgrund der denaturierten Zustände und der negativen Ladung der Proteine gelangen sie in den Trenngelbereich und werden dort voneinander getrennt, wobei kleinere Proteine schneller wandern als größere.
Nach Abschluss der Elektrophorese können die Proteine visualisiert werden, indem das Gel mit einem Farbstoff wie Coomassie Blue oder Silbernitrat gefärbt wird. Die SDS-PAGE ermöglicht auch die Quantifizierung von Proteinen, indem Standards mit bekannten Konzentrationen verwendet werden.
SDS-PAGE ist eine wichtige Methode in der Biochemie und Molekularbiologie. Sie wird häufig für die Analyse von Proteinreinheit und -konzentration, zur Bestimmung der molaren Masse von Proteinen und zur Identifizierung von Proteinen durch Western Blotting oder Massenspektrometrie verwendet.
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